熒光定量PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。開始時，探針完整地結合在DNA任意一條單鏈上，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收，檢測不到熒光信號；PCR擴增時，Taq酶將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成*同步。

 

　　熒光定量PCR擴增反應的循環里，熒光信號變化不大，接近一條直線，這樣的直線即是基線，這條線是可以自動生成也可以手動設置的。之后反應會進入指數增長期，這個期間擴增曲線具有高度重復性，在該期間，可設定一條熒光閾值線，它可以設定在熒光信號指數擴增階段任意位置上，但一般會將熒光閾值的缺省設置是3-15個循環的熒光信號的標準偏差的10倍。每個反應管內的熒光信號到達設定的閾值時所經歷的循環數被稱為CT值，這個值與起始濃度的對數成線性關系，且該值具有重現性。

 

　　熒光定量PCR特點有：

　　(1)用產生熒光信號的指示劑顯示擴增產物的量，進行實時動態連續的熒光監測，避免終點定量的不準確性，并且消除了標本和產物的污染，且無復雜的產物后續處理過程。

　　(2)熒光信號通過熒光染料嵌入雙鏈DNA，或熒光探針特異結合木得檢測物等方法獲得，打打提高了檢測的靈敏度、特異性和準確性。Real-timeO-PCR可以應用于mRNA表達的研究、DNA拷貝數的檢測、單核苷酸多態性的測定、細胞因子的表達分析、腫瘤耐藥基因表達的研究以及病毒感染的定量監測。